體制內的競爭體現在交通部與外貿部之間的競爭。從部門職能上看，交通部主管運輸業務，外貿部主管對外貿易業務，在對外貿易運輸上二者之間應該是互補、協作關系，但實質上，它們在業務上還存在交叉，正因此相互競爭自然存在。這種競爭現象在計劃經濟時期就已經初現端倪。指示中央貿易部和交通部組建中國海外跨境運輸公司，統一掌握海外貨運計劃和辦理對外租船等事宜，公司由兩部共同領導，即行政工作由交通部領導，業務工作由貿易部領導。

中國海外跨境運輸公司成為對外貿易部直屬的一個公司，從而結束兩部雙重領導的關系。1955年，對外貿易部對外貿運輸機構進行機構調整，重新組建成中國對外貿易跨境運輸公司和中國租船公司，統一掌握海外貨運計劃和辦理對外租船等事宜，這一管理體制一直沿用到改革開放時期。計劃經濟時期，交通部和外貿部建立船貨平衡會制度解決對外貿易的海洋運輸問題，通常由兩個部門每月召開船、貨平衡會，按計劃分配運輸貨載。

大體上，交通部管船，外貿部管貨，但是由于外貿部兼有對外租船業務，事實上也管船，這就出現業務交叉。在派船時選擇交通部管轄的國輪抑或是外貿部租用外輪？外貿部租用的外輪是由本部門代理抑或是由交通部的中國外輪代理公司代理？兩個部門會出現意見分歧。在計劃經濟時期這個內部矛盾較為容易化解，但改革開放以后，交通部所轄的中國遠洋跨境運輸公司和外貿部所轄的中國對外貿易跨境運輸公司都改制成為獨立的經濟實體，業務量的大小與自身的經濟利益密切相關，這時昔日的內部矛盾演變成為激烈的市場競爭，只不過兩家公司都是體制內的國企而已。隨著對外貿易的擴大，船、貨之間的矛盾進一步深化，在一定程度上影響了交通部和外貿部之間的業務合作關系。但由于兩公司一個管船、一個管貨；一是承運人，一是托運人。二者性質不同，權利和義務各異，在經營指導思想上差距較大，以致未能合并。1984年11月3日，國務院同意中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿易跨境運輸公司有業務交叉，即二者可以同時經營船與貨，因此，二者在船與貨上都存在競爭，中國遠洋跨境運輸公司積極發展貨物代理業務，打破外貿部門對貨源的壟斷制約；中國對外貿易跨境運輸公司則大力開展船舶代理業務，打破交通部門對船舶的壟斷制約。

1985年4月4日，國務院口岸領導小組頒布了《關于中遠、外運兩公司業務交叉問題的通知》，規定凡到中國口岸的外輪，其代理業務由中國外輪代理公司辦理；屬于中國對外貿易跨境運輸公司的自營船29艘，以及該公司合營的掛五星紅旗的船舶36艘，共65艘，由中國對外貿易跨境運輸公司自行代理，試行一年。在此時，中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿易跨境運輸公司的競爭還受到國家的限制。

這兩個文件的出臺，標志著中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿易跨境運輸公司全面競爭時代的到來。中國對外貿易跨境運輸公司因過多租用外輪而引起交通部的不滿，1989年11月20日致函當時的外經貿部，譴責其不支持國輪，損害國家利益。交通部認為國輪處于船多貨少狀態，我方派船的貨物，特別是高運價貨物，中國對外貿易跨境運輸公司未完全按國務院要求交國輪裝運，甚至在一些國輪經營的班輪航線上輪位利用還不到50%，又用大量外匯租外輪插進來與國輪爭貨。以上海到西北歐的班輪航線為例，國輪艙位利用僅24.3%，中國對外貿易跨境運輸公司又租用三艘外輪（每艘每天租費一點五萬多美元）與國輪爭貨，使國輪班輪艙位利用降為15.3%，將近85%的艙位被浪費。

競爭機制的引入打破體制內的平靜，激起體制內企業間的激烈競爭，這對于中國海運經濟的發展無疑起到促進作用。例如，船舶代理是中國外輪代理公司的主業，它在市場占據主體地位，但是，反觀中國對外貿易跨境運輸公司，它在船舶代理上屬于后起之秀，盡管絕對量比中國外輪代理公司小得多，其增長速度卻相當快，從1986年到1988年增長了137%。