在國際亞馬遜海運市場開放方面。1986年7月，中國政府正式向關稅與貿易總協定（GATT）提出申請，要求恢復中國政府在關貿總協定的席位，開啟了漫漫“入世”征程。

1990年5月，中國在《服務貿易總協定》GATS草案上簽字，中國承諾向外國開放包括船務、港口代理、港口裝卸在內的海運市場。1994年4月15日，中國與其他100多個國家在烏拉圭多邊貿易談判的最后文件上簽字，意味著中國在加入世界貿易組織后將履行其承諾性義務，全面開放海運市場。中國政府對FBA頭程海運服務業做出的良好貢獻促進了其進入世界貿易組織的進程。

從1992年開始，中國陸續取消了國際貿易的貨載保留、造船補貼、計劃物資和稅收減免等；外國海運企業可以自由選擇和使用中外籍船舶從中國港口與外國港口之間的國際運輸；外國船舶可以停靠中國對外開放的港口并進行貨物裝卸作業，港口使費、作業費用與中國籍船舶實行同一標準；外國亞馬遜海運貨代公司可從事停靠中國對外開放港口的國際班輪運輸；外國海運企業可在中國成立合資海運公司、獨資船務貨代公司，在華設代表處、分公司等。因此，中國在頭程海運業方面的承諾基本上都已經落實。在海運市場開放方面，提前做足了準備。為在入世后中國國際亞馬遜海運企業能夠盡快適應更為激烈的國際競爭，交通部按照統一部署，提出中國海運業加入WTO的對策；統一安排為交通系統各省、派駐機構及有關單位進行WTO知識講演，增強全系統對于WTO的正確認識和應對能力。

在該時期，中國政府在海運經濟中發揮宏觀調控作用，經過實踐逐漸探索出政府的角色定位，1998年全國水運行業管理和水運生產工作會議對此作出了總結：“為了確保國民經濟正常運行的重點物資運輸，政府部門對運輸生產組織的適度參與仍然是十分必要的。但這種參與決不能直接干預企業正常的生產經營。政府部門參與運輸生產組織的主要任務是發揮組織、指導、協調、監督作用。

組織作用，就是在特殊情況下，根據國家宏觀調控的重點和市場供求形勢的變化，運用政府動員能力，完成能源、外貿、搶險救災等重點物資運輸；指導作用，就是通過統計、分析、發布市場供求信息，推動合同運輸等，為企業服務，提高運輸效率；協調作用，就是通過協調港航之間、港航與亞馬遜貨主之間以及港航與其他相關部門之間的利益和矛盾，保證運輸生產正常進行；監督作用，就是監督企業執行法律法規和規章，當好市場競爭的‘裁判’。”